W WITPiS jest wdrożony i utrzymywany System Zarządzania Jakością (ISO) wynikający z wymagań normy PN-EN ISO 9001:2015-10 potwierdzony certyfikatem Centrum Certyfikacji Jakości Wojskowej Akademii Technicznej (WAT). System Zarządzania Jakością ma na celu wspomaganie zarządzania bieżącą działalnością WITPiS oraz stymulowanie długofalowego rozwoju z uwzględnieniem doskonalenia. Określone cele jakościowe są spójne z polityką jakości, wskazują odpowiedzialność za ich realizację oraz sposób oceny uzyskiwanych wyników.  Stosowany system wpływa na sprawny obieg informacji, jasny podział kompetencji i odpowiedzialności oraz efektywność organizacyjną.