W laboratoriach badawczych i Jednostce Certyfikującej Wyroby (JCW) WITPiS są wdrożone i stale utrzymywane systemy zarządzania spełniające wymagania normy PN-EN ISO/IEC 17025:2018-02. W przypadku laboratoriów badawczych są one potwierdzone certyfikatami akredytacji Polskiego Centrum Akredytacji Nr: AB 083, AB 150 i AB 1625 oraz certyfikatami MON Nr: 35/MON/2021, 36/MON/2021 i 48/MON/2021, a w przypadku JCW spełniający wymagania normy PN-EN ISO/IEC 17065 potwierdzony certyfikatem akredytacji Nr: MON Nr 34/MON/2021.
Posiadane akredytacje stanowią podstawę zaufania do kompetencji technicznych jednostki, które weryfikowane są regularnie podczas okresowych ocen w nadzorze.